در پی مکاتبه تعدادی از بهائی ها با رئیس جمهور سابق، محمدعلی ابطحی در نامه ای به محمد خاتمی در تاریخ دهم دی ماه 1380 به شماره 7662/80 - م نوشت: "طبق گزارش رسمی 9/10/80 کمیسیون اصول 88 و 90 قانون اساسی مجلس به اینجانب، برخی کارمندان شاغل در سطح مؤسسات دولتی به استناد ارتباط و اعتقاد به مسلک بهائیت، از حقوق شهروندی محروم شده اند".

وی در ادامه با استناد به بخشنامه ای که مربوط به بهمن 1367بود، تصریح کرد: "بر اساس بخشنامه نخست وزیر سابق که به وزارتخانه‌ها،‌ سازمان ها، مؤسسات دولتی و نهادهای انقلابی و استانداری های سراسر کشور ابلاغ شده، هیچ یک از مسئولان و کارگزاران جمهوری اسلامی مجاز نیستند افرادی که جاسوسی یا محرومیت‌شان از حقوق اجتماعی و قانونی به تشخیص مراجع ذیصلاح اثبات و مورد حکم قرار نگرفته را از حقوق اجتماعی و قانونی محروم نمایند".

این استناد در حالی صورت گرفته که اولا در زمان صدور بخشنامه مذکور، قانونی مبنی بر منع فعالیت و تحصیل بهائیان وضع نشده بود اما بر اساس اعلام حسین مهرپور مشاور خاتمی و رئیس هیئت پیگیری و نظارت بر اجرای قانون اساسی در دولت گذشته، شورایعالی انقلاب فرهنگی در سال 69 تصویب کرد که بهائیان به صرف احراز بهائی بودن حق ورود به دانشگاه‌ها را ندارند و اگر در حین تحصیل نیز بهائی بودن کسی محرز شد، از ادامه تحصیل محروم می شود.

همچنین هیئت وزیران در سال 73 در آئین نامه اجرایی ماده 10 قانون سازمان دامپزشکی مصوب کرده که شرط صدور پروانه دامپزشکی، تدین به یکی از ادیان رسمی کشور است و دامپزشکان بهائی متقاضی صدور پروانه، برای امکان اشتغال به کار به لحاظ بهائی بودن از گرفتن پروانه محروم هستند.

در سال های 74، 75 و 76 نیز مجلس شورای اسلامی طبق قانون گزینش معلمان و قانون تسری قانون گزینش ملعمان به کارکنان سایر وزارتخانه‌ها و آئین نامه اجرایی آن هر گونه استخدام در هر یک از دستگاه‌های دولتی و شبه دولتی را حتی به صورت قراردادی وروزمزد منوط به متدین بودن به یکی از ادیان رسمی کشور دانسته است.

همچنین دادگاه‌ها در موارد متعددی حکم به مصادره اموال افراد بهائی صرفا به خاطر بهائی بودن آنها و اینکه این فرقه ماهیتا جاسوس آمریکا و اسرائیل است، داده اند.

نکته دیگر آنکه بخشنامه سال 67 اساسا مربوط به پیروان فرق ضاله و ادیان غیر رسمی نبوده و به صراحت نشان می دهد موضوع آن تاکید بر حقوق شهروندی کسانی بود که جاسوسی یا محرومیت‌شان از حقوق اجتماعی و قانونی به تشخیص مراجع ذیصلاح اثبات و مورد حکم قرار نگرفته است!

در بخشنامه مذکور تصریح شده بود که "در دستگاه‌های اجرایی انسجام لازم برای [نحوه مواجهه با] فرقه ضاله بهائیت وجود ندارد و کلیه دستگاه‌های دولتی و نهادهای انقلابی باید سیاست رسمی اعلام شده را اعمال کنند" و "طبق اصل 13 قانون اساسی ایرانیان زرتشتی و کلیمی و مسیحی تنها اقلیت‌های دینی هستند که در حدود قانون در انجام مراسم دینی خود آزادند و در احوال شخصی و تعلیمات دینی بر اساس آئین خود عمل می کنند".

در عین حال معاون حقوقی رئیس جمهور سابق با وجود نظر امام و مستندات روشن در خصوص وضعیت بهائیان در نامه خود به خاتمی با عنایت به اصل 23 قانون اساسی نظر وی را به عنوان مسئول اجرای قانون اساسی در الزام [دستگاه‌ها] به رعایت حقوق شهروندی نیروی انسانی فرقه بهائیت، راهگشا دانسته بود.

خاتمی نیز متعاقب این درخواست مشاور غیر رسمی خود و با استناد به نامه‌های متعدد بهائیان به او، در حکمی به حسن روحانی (دبیر وقت شورایعالی امنیت ملی)، کمال خرازی ( وزیر امور خارجه) و مهرپور ماموریت داد به دلیل "ناروا بودن مشکل به حساب آمدن آنچه در سال 67 حل شده به حساب آمده است"، در این زمینه چاره جویی کنند.

رئیس هیئت پیگیری و نظارت بر اجرای قانون اساسی در تاریخ 29 دی 80 در پاسخ به دستور خاتمی برای بررسی حقوق بهائیان در نامه ای به شماره 3419 - 80 نوشت: "مسأله حقوق شهروندی وابستگان فرقه‌های مذهبی غیر رسمی مخصوصا فرقه بهائیت که در اسناد حقوق بشری نهادهای ذیربط سازمان ملل نیز از سال 59 به این طرف همواره انعکاس یافته، از مسائل قابل توجه است...".

حسین مهرپور ادامه می دهد: "بخشنامه سال 1367 نخست وزیری موضوع را حل ننموده و نتوانسته جلوی محرومیت فرقه‌های غیر رسمی از حقوق شهروندی بگیرد، زیرا هم قوه مقننه و هم هیئت دولت و هم شورایعالی انقلاب فرهنگی مقرراتی بر خلاف مفاد بخشنامه مزبور تصویب نمودند و هم دادگاه‌های دادگستری تصمیماتی مغایر با آنچه در آن بخشنامه آمده، اتخاذ نمودند".

وی با اشاره به قوانین و مصوبات مربوط به فعالیت‌ و تحصیل بهائیان از سال 69 تا 76 تصریح کرد که "در موارد زیادی اداره اماکن یا انجمن های شهر و امور صنفی از تائید صلاحیت یا دادن پروانه شغل آزاد به فردی صرفا به خاطر بهائی بودن خودداری کرده اند که اگر بتوان بخشنامه [سال 1367] نخست وزیری را بر این تصمیمات حاکم نمود و با نظر جنابعالی و تنفیذ مجدد آن، آنها را ملزم به تبعیت از مفاد آن کرد [نیز]، طبعا بخشنامه مزبور نمی تواند جلوی مصوبات مجلس، هیئت دولت و شورایعالی انقلاب فرهنگی را بگیرد.

با این وجود مشاور خاتمی به منظور اجرای فرمان وی برای چاره جویی در خصوص نحوه رعایت حقوق شهروندی بهائی ها توصیه کرد "اگر نظام جمهوری اسلامی ایران ... مصمم است حقوق شهروندی همه اتباع ایران اعم از پیروان ادیان رسمی و غیر رسمی را به رسمیت بشناسد و اجرا نماید و حقوقی چون مالکیت و مصونیت اموال و حق تحصیل و اشتغال و امثال آن را جزء حقوق شهروندی می داند که اعمال آنها هیچ ملازمه ای با رسمیت شناختن دینی دون دینی ندارد، لازم است با حل نظری موضوع ... اقدامات زیر که طبعا برای عملی شدن آنها باید برخی قوانین و آئین نامه‌ها و مصوبات اصلاح گردد، صورت گیرد:
1- شرط تدین به یکی از ادیان رسمی برای اشتغال به خصوص در مورد مشاغل آزاد برداشته شود و عنداللزوم برای بعضی از مشاغل مهم و حساس و با وضعیت خاص چنین شرایطی برقرار شود
2- ممنوعیت ادامه تحصیل پیروان عقیده خاص در دانشگاه‌ها لغو شود
3- کسی به لحاظ داشتن عقیده خاص و اینکه صرف داشتن آن عقیده قرینه جاسوس بودن اوست، تحت تعقیب، محاکمه و مصادره اموال واقع نشود
4- در خصوص احکام مصادره اموالی که صرفا به خاطر وابستگی افرادی به عقیده خاص مذهبی صادر شده و قطعیت یافته چاره ای اندیشیده شود و راه تجدیدنظر بازگردد و با لغو احکام صادره، اموال مصادره‌شدگان به آنان بازگردانده شود.

مهرپور در حالی در پایان نامه خود مدعی شده بود بدون انجام این امور و صرف استناد به بخشنامه سال 67 و اتکای به آن نمی توان به تامین حقوق شهروندی همه اتباع کشور رسید که در نامه دیگری در تاریخ 14 دی 1383 به رئیس دولت اصلاحات به شماره 4332/83 (عطف به نامه شماره 9171-83/م مورخ 10/10/83) درباره ابراز نگرانی یکی از مراجع عظام از مکاتبات و فعالیت بهائیان به ویژه نامه شخصی به نام روضیا کاتب ‌پورشهیدی به رئیس جمهور از طرف جامعه بهائیان ایران برای گرفتن امتیازات خطرناک در آموزش و پرورش و دانشگاه‌ها می نویسد: "... نگرانی آیت‌الله مکارم شیرازی در خصوص نفوذ و فعالیت بهائی ها در مجامع خارجی و مورد حمایت بودن آنها از سوی برخی دولت‌های غربی بجاست".

وی می افزاید: "اقدام اخیر دسته جمعی آنان برای عدم انتخاب رشته و اعتراض گروهی صرفا بدین جهت که در کارنامه اعلام نتایج کنکور در ستون مشخصات فردی، جلوی دین عنوان اسلام قید شده بود، نشانگر فعالیت هدف‌دار آنهاست و طبعا باید نسبت به این موضع‌گیری ها و اهداف سازمان یافته آنان هوشیاری لازم به خرج داد".
مهرپور در بخش دیگری از این نامه، نگرانی آیت‌الله مکارم شیرازی از گرفتن امتیازات خطرناک در آموزش و پرورش و دانشگاه‌ها توسط بهائی ها را ناشی از شرکت پیروان این فرقه ضاله در کنکور و ورود به مراکز آموزش عالی عنوان کرده و می نویسد: "... علاوه بر روش عملی برای ممنوعیت بهائیان در دانشگاه‌ها و حتی مدارس وجود داشت، شورایعالی انقلاب فرهنگی در سال 69 مصوبه ای را گذراند که در آن تصریح شده بهائیان از تحصیل در دانشگا‌ه‌ها چه عندالورود و چه در ادامه ممنوع هستند".

او در ادامه نامه خود با اشاره به تلاش های صورت گرفته جهت رفع محدودیت تحصیل بهائیان در دانشگاه‌ها خاطر نشان کرد: "به دنبال شکایات و پیگیری های زیادی که در این زمینه به عمل آمد، در جلسه 530 مورخ 25/9/82 شورایعالی انقلاب فرهنگی پیشنهاد شد در فرم تقاضانامه ثبت‌نام آزمون سراسری به جای سؤال مربوط به دین داوطلبان، اینگونه سؤال طرح شود که چنانچه به سؤالات معارف غیر اسلام پاسخ می دهید، آن را مشخص نمائید: کلیمی، مسیحی، زرتشتی و بر این اساس بدون اینکه از داوطلب خواسته شود دین خود را بین کند، با سکوت یا اعلام خود نوع معارف دینی را که مایل است امتحان دهد، از بین چهار دین رسمی اعلام می کند و نتیجتا یک فرد بهایی نیز اگر بهایی بودن خود را اعلام نکند، بدون اینکه ملزم باشد وابستگی خود به یکی از ادیان رسمی را اعلام نماید، می تواند ثبت‌نام نموده و در کنکور شرکت کند که همین کار در کنکور سال 83 انجام شد و ظاهرا عده ای حدود 700 یا 800 نفر بهایی حسب اطلاع شفاهی داده شده به هیئت در آزمون سراسری شرکت نموده و تعدادی قریب به 400 یا 500 نفر آنان نمره قبولی که مجاز به انتخاب رشته باشند را حائز گردیدند و احتمالا عده ای از آنها نمرات خوبی هم کسب کرده اند".

با وجود گشایش درب چنین باغ سبزی به روی پیروان فرقه ضاله بهائیت، مهرپور کتمان نمی کند که آنها پای زیاده خواهی را از گلیم خود فراتر نهادند و نامه خود را این گونه ادامه می دهد که "در کارنامه اعلام نتایج که از سوی سازمان سنجش برای آنها ارسال شد، در ردیف مشخصات فردی طبق فرم رایج، ستون دین نیز وجود داشت که برای این عده از داوطلبان کلمه اسلام قید شده است و همین امر باعث اعتراض دسته جمعی آنان شده و قبول شدگان آنها نیز عموما حاضر به انتخاب رشته نشدند و حدود 500 نامه تقریبا با یک مضمون برای هیئت ارسال شد که نشانگر اقدم جمعی آنهاست".

"توضیح سازمان سنجش این بود که قید اسلام در کارنامه نه به دلیل مسلمان بودن این افراد و نه محرومیت آنها از انتخاب رشته است ولی به هر حال برخی از کارنامه‌ها را اصلاح نموده و ستون دین را اصولا حذف کردند و گفته شده در آینده اصولا فرم کارنامه‌ها نیز اصلاح خواهد شد... به هر حال با اقدام اصلاحی شورایعالی انقلاب فرهنگی و سازمان سنجش تنها ارفاقی که در مورد ورود به دانشگاه برای بهائیان شده این است که اگر اظهار نکنند بهائی هستند، می توانند در کنکور شرکت نموده و معارف دینی را هم یا معارف اسلامی یا یکی از ادیان اقلیت رسمی امتحان دهند و در صورت کسب نمره قبولی انتخاب رشته نموده و عندالاقتضا وارد دانشگاه شوند ولی ظاهرا مصوبه سال 69 شورایعالی انقلاب فرهنگی هنوز به قوت خود باقیست و از این جهت بهائیان که ظاهرا تجری بیشتری پیدا کرده و به دنبال مطرح کردن خود هستند، به این مقدار راضی نیستند و به بهانه مذکور از انتخاب رشته نیز در موعد مقرر خودداری کردند".

اگر چه مشاور رئیس دولت اصلاحات در بخش دیگری از نامه خود به خاتمی به فعالیت‌های سوء بهائیان علیه نظام اشاره می کند و می نویسد: "متن مصوبه شورایعالی انقلاب فرهنگی با این که جزء مصوبات علنی و اعلام شده شورا نبود اما به زودی به دست بهائیان رسید که در محافل بین المللی از جمله کمیته حقوق بشر ارائه دادند و دولت جمهوری اسلامی ایران را از این جهت متهم به نقض موازین حقوق بشر نمودند... همین گروه‌ها در همین محافل از لحاظ تبلیغاتی به گونه ای با تشریح نقض حقوق شهروندی خود همدردی دیگران را با خود و علیه ایران جلب می کنند..." اما در عین حال بحث حقوق شهروندی بهائیان را از منظر حکومت اسلامی مطرح می کند و می نویسد: "آیا افراد بهائی و اصولا گروه‌هایی که متدین به یکی از ادیان شناخته شده در قانون اساسی نیستند، حق حیات و حقوق اولیه که لازمه ادامه حیات در جامعه امروزی است، دارند یا خیر؟ آیا می توان همه افراد یک فرقه و گروهی که اعتقادی خاص هر چند باطل دارند و تبعه جمهوری اسلامی ایران هستند، به اعتبار اینکه مورد حمایت دولت‌های معاند می باشند و برخی از آنها هم جاسوسی می کنند، از حقوق شهروندی از جمله رفتن به مدرسه و ورود به دانشگاه‌ها و مراکز آموزش عالی محروم کرد؟".

مهرپور می افزاید: "بدیهی است جاسوسی برای بیگانگان جرم و جرم بزرگی است؛ چه مسلمان مرتکب این جرم شود و چه غیر مسلمان ولی جرم و مجازات جنبه شخصی دارد و هر کس ثابت شد مرتکب چنین جرمی شد، باید مجازات قانونی آن را نی متحمل شود ولی آیا واقعا می شود حکم کلی صادر کرد که اعضای یک گروه جاسوس اند و به همین جهت از بسیاری از حقوق اولیه اجتماعی موسوم به حقوق شهروندی محروم اند؟".

رئیس هیئت پیگیری و نظارت بر اجرای قانون اساسی در دولت خاتمی در فرازهای پایانی نامه خود با اشاره به عضویت ایران در برخی معاهدات بین المللی و حضور نماینده کشورمان در کمیته‌های ناظر بر اجرای آن معاهدات، بحث حقوق بهائیان را از منظر کنوانسیون مبارزه با تبعیض در آموزش مورد بررسی قرار داده و در قالب درخواست از علمای اعلام برای روشن کردن تکلیف دولت برای رعایت حقوق شهروندی پیروان برخی فرق از منظر شرع و فقه حکومتی نوشت: "از لحاظ ماهوی باید موضع جمهوری اسلامی ایران درباره معاهدات بین المللی مشخص شود؛ مثلا دولت ایران کنوانسیون مبارزه با تبعیض در آموزش مصوب کنفرانس عمومی یونسکو را تصویب کرده و عضو آن معاهده است که طبق ماده 4 کنوانسیون مزبور دولت‌های عضو متعهدند آموزش عالی را به طور مساوی قابل دستیابی برای همه بر مبنای صلاحیت و توانایی شخصی و بدون تبعیض از هر حیث از جمله مذهب و عقیده سیاسی قرار دهند و دولت در برابر این تعهد بین المللی و پاسخگویی به آن در محافل مربوطه بین المللی چه باید بکند؟‌ آیا می تواند بگوید چون جمعی از اتباعش عقیده باطلی دارند و جاسوسی بیگانه می کنند، خود را ملزم به اجرای این معاهده در مورد آنها و فرزندانشان نمی داند؟".
این استناد ناشیانه یک حقوقدان به معاهدات بین المللی برای حمایت از پیروان یک فرقه ضاله و معاند با نظام اسلامی در حالی صورت می گیرد که در فرانسه که اصلاح‌طلبان از آن به عنوان مهد دموکراسی یاد می کنند و اتفاقا مقر یونسکو نیز در آن کشور قرار دارد و برخی کشورهای اروپایی دیگر،‌ بسیاری از بانوان مسلمان تنها به دلیل برخورداری از حجاب از تحصیل در مدارس و دانشگاه‌ها منع می شوند و آنها را با عناوین توهین آمیزی چون عنصر نامطلوب و مخرب و تروریست معرفی می کنند و کسی هم مدعی حقوق شهروندی نیست و ظاهرا دولت‌های غربی عضو سازمان ملل و مدعی حقوق بشر، تعهدی در برابر اجرای ماده 4 کنوانسیون مبارزه با تبعیض در آموزش ندارند!